Em Fevereiro de 1852, o Apóstolo Lorenzo Snow, acompanhado de Jabez Woodward, chega a Malta e começa a pregar o evangelho. Em Maio desse ano, Ferdinanda Seiapati e Jean Alais Frouche são as primeiras pessoas a serem baptizadas na ilha. No mês seguinte um ramo (uma pequena congregação) é organizado. Muitos dos conversos eram militares britânicos. No entanto, começa a haver perseguição e muitos dos militares são ameaçados pelos seus superiores de que seriam despromovidos ou punidos se se envolvessem na Igreja. Muitos mantêm-se fiéis, outros acabam por se afastar.
Em 1854, muitos membros do ramo saem de Malta para combater na guerra da Crimeia. Quatro ramos móveis, a partir do ramo original de Malta, são organizados para servir os membros que estavam em combate. No entanto, em 1856 o ramo original acaba por se dissolver.
Depois dessa data não há notícias da presença da Igreja em Malta até 1960, altura em que Santos dos Últimos Dias que pertenciam às forças armadas britânicas voltam ao país. Muitos vivem lá temporariamente, mas em Dezembro de 1968 um grupo informal reúne-se regularmente até pelo menos 1972.
O Presidente de missão Lino P. Gambarotto junto com o consultor legal David Farnsworth vão até Malta em Setembro de 1979. Encontram-se com os representantes do governo e nessa reunião são informados que os missionários são bem-vindos, mas que a obtenção de permissão para ficarem na ilha por longos períodos seria difícil de obter. O governo de Malta concede a permissão para que a Igreja tenha missionários na ilha em Janeiro de 1980.
A obra missionária progride e em Dezembro de 1988, um ramo (uma pequena congregação) é organizado. No início de 1991, a obra missionária é suspensa devido a manifestações antiamericanas e o ramo é de novo dissolvido, reabrindo em Outubro de 1991, com Emanuele D’Emanuele como o primeiro Presidente natural da ilha. Os missionários retornam a Malta em Junho de 1993.