Um dos primeiros conversos da Lituânia foi Irute Meskiene de Vilnius, a capital. Ela ouve o evangelho a ser pregado na Hungria e foi lá baptizada no ano de 1988.
Robert e Ruth Rees são chamados para servir na Lituânia em Outubro de 1992. Servem como missionários de auxílio humanitário em Kaunas, local onde ensinam Inglês. Reúnem-se com o Ministério da Educação e trabalham com os meios de comunicação para ter alguns programas produzidos pela Igreja a serem transmitidos na televisão Lituana.
Em Dezembro de 1992, os primeiros quatro missionários são enviados para o país, a partir da Missão Rússia São Petersburgo, para trabalharem na cidade de Vilnius. Nos anos seguintes, também são enviados missionários para as cidades de Klaipeda e Siauliai.
No final de 1993, início de 1994, a televisão da Lituânia apresenta alguns programas produzidos pela Igreja, os quais se focalizavam nos missionários e no trabalho que faziam. Em 1995, a Igreja é oficialmente reconhecida em Vilnius e Kaunas.