Mischa Markow foi o primeiro membro da Igreja a pregar na zona da actual Letónia. Markow regista-se junto das autoridades judiciais locais em Outubro de 1903 e começa a pregar à comunidade alemã na cidade de Riga, que na altura pertencia ao Império Russo.
No entanto, é notificado para comparecer em tribunal para explicar que o andava a fazer em Riga. Decide cumprir as instruções que tinha recebido do Presidente Francis M. Lyman, da Missão Europeia e opta por deixar o país, em vez de ser deportado para um exílio na Sibéria. Nenhum trabalho missionário foi realizado na Letónia devido à intolerância religiosa, os conflitos mundiais e à ocupação soviética que durou até 1991, data em que a Letónia obtém a independência da União Soviética.
A obra missionária mais recente na Letónia começa em Junho de 1992 com a chegada de quatro missionários sob a direcção do Presidente da Missão Rússia São Petersburgo, Charles H. Creel. Os missionários eram Dennon Ison; Matthew H. Lyman e Michael G. Van Patten. Foram seguidos uma semana depois por um casal missionário Boris e Liselotter Schiel. Boris Schiel era um natural da Letónia que tinha deixado o país durante da 2º guerra mundial e havia-se filiado à Igreja na Alemanha, em 1954, tendo-se depois mudado para os Estados Unidos.
O primeiro converso na Letónia, Gunars Kavals, é baptizado em Julho de 1992. Anteriormente, um casal letão que vivia e estudava em Moscovo, Gvido e Velga Senkans, tinha-se filiado à Igreja. Pouco tempo depois, retornam à Letónia para ajudar a construir a Igreja na sua terra natal.
A Missão Letónia Riga, criada em Julho de 1993, incluía a Letónia, a Lituânia e a Estónia e durante um breve período a Bielorrússia. Em Julho de 2002, a missão muda de nome para Missão do Báltico, mas continua a ter a sede em Riga.
O primeiro ramo da Igreja (uma pequena congregação) na Letónia é organizado em Riga, em Maio de 1993. Pouco depois, o ramo foi dividido entre dois ramos, de língua letã e língua russa. Os ramos são oficialmente reconhecidos pela Letónia a 26 de Fevereiro de 1996.