Os primeiros missionários chegam em 1899, mas não conseguem que alguém se converta. O Elder Osborne J.P. Widtsoe e um colega, o Elder Mervin Davis, chegaram a Rarotonga a 23 de Maio de 1889, tornando-se os primeiros missionários da Igreja nas Ilhas Cook.
Durante a 2ª guerra mundial, Matthew Cowley, na altura o Presidente da Missão Nova Zelândia, designou Fritz Kruger, um padeiro neozelandês que tinha um negócio em Avarua, Rarotonga, a ajudar a estabelecer a Igreja nas Ilhas Cook. Cowley e a sua família mudam-se então para Rarotonga e o seu primeiro converso foi Samuel Glassie e a sua família.
Em 1946, um casal de missionários, o Elder e a Irmã Trevor Hamon e mais tarde os Elderes DeLaMar e John L. Sorenson são enviadas para Avarua. Em 1949, 160 naturais das Ilhas Cook já se haviam filiado à Igreja. Nas décadas seguintes, as Ilhas Cook foram transferidas entre diversas missões, numa tentativa de manter uma melhor comunicação com este local remoto. As ilhas fizeram parte da Missão de Samoa (1954), Nova Zelândia Norte (1966), Fiji (1971) e Tahiti Papeete (1975). As Ilhas Cook fazem actualmente para da Missão Nova Zelândia Auckland.
O Presidente David O. Mckay visita o país em 1955. A Missão Rarotonga é organizada a 20 de Novembro de 1960, mas mais tarde passa a pertencer à Missão Nova Zelândia. No início da década de 1960, o Livro de Mórmon: Outro Testamento de Jesus Cristo, é traduzido no idioma Maori das Ilhas Cook. Em 1979, havia 718 membros em 10 ramos (pequenas congregações) nas Ilhas Cook. O Presidente Spencer W. Kimball visita Rarotonga em Fevereiro de 1981 durante uma viagem pelo Pacífico Sul e dirige uma pequena reunião num dos hangares do aeroporto.
Em 1990, o governo emitiu um conjunto de selos que mostravam os primeiros missionários das ilhas Cook de várias denominações religiosas. O selo da Igreja de Jesus Cristo dos Santos dos Últimos Dias tinha uma pintura com Elder Widtsoe em primeiro plano e uma capela da Igreja em fundo.
De 4 a 7 de Setembro de 1996, os membros da Igreja celebraram o 50º aniversário da Igreja nas Ilhas Cook. Durante os quatro dias de celebração, os membros participam em danças, exposições, eventos desportivos, conferências de distrito e de outras reuniões.
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