No final da década de 1980, os missionários que servem na Missão Finlândia Helsínquia começam a contactar cidadãos soviéticos que estavam de visita à Finlândia. Em simultâneo, os Santos dos Últimos Dias finlandeses começam também a viajar para a Estónia, que na altura era parte da União Soviética e onde começaram a pregar o evangelho. Tallinn, a capital da Estónia, foi um dos pontos iniciais destes contactos.
O primeiro ramo (uma congregação pequena), organizado em Tallinn em 28 de Janeiro de 1990, é presidido por um missionário finlandês, Hari Aho. Peep Kivit torna-se mais tarde no primeiro Presidente de ramo nativo da Estónia. Em Setembro de 1991, dois ramos adicionais são organizados em Tallinn, um em língua estónia, o outro em russo. Estes dois ramos viriam a ser reunidos num único ramo, no verão de 1997.
A Igreja recebe o reconhecimento oficial do governo da Estónia em 2 de Julho de 1990. No entanto, novas leis redigidas em 1993 requerem que a Igreja se registe de novo. Em 1994, por meio dos esforços de Jussi Kemppainen e do missionário sénior James Ames, a Igreja cumpre todos os requisitos para o reconhecimento oficial.
A primeira capela das nações do Báltico é dedicada em Tallinn, em Novembro de 1999. O Livro de Mórmon - Outro Testamento de Jesus Cristo, é publicado em língua estónia a Janeiro de 2000.