O primeiro membro na República da Eslováquia foi Valeria Ruzena Frantiska Zizkova, nascida numa família de membros da Igreja na República Checa e baptizada em Julho de 1939, pouco antes dos missionários saírem do país no prenúncio da 2ª guerra mundial. Outros eslovacos foram mais tarde baptizados como refugiados na Alemanha e noutros países.
A primeira reunião da Igreja nos tempos modernos na Eslováquia realizou-se em Outubro de 1991. O primeiro ramo (uma pequena congregação) da Igreja na Eslováquia foi criado em Trencin, sob a direcção do Presidente Richard W. Winder da Missão Checoslováquia Praga, em 24 de Janeiro de 1993. Um segundo ramo foi criado ainda nesse ano na capital Bratislava. O trabalho missionário no país é retomado em 1992. A tradução dos materiais básicos da Igreja para Eslovaco começa em 1994.
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