Quando a guerra irrompe na República Democrática do Congo em Agosto de 1998, todos os missionários não congoleses são evacuados do país. Entre os evacuados está um casal missionário, Normand and Sharon Langevin. São reassignados ao vizinho Benim por um mês em Setembro de 1998. Foi lá que o casal Langevin ensina as lições do evangelho e baptiza Claude P. Toze, em Outubro de 1998. Toze foi o primeiro cidadão a ser baptizado.
O Benim fica sob a responsabilidade da Missão Costa do Marfim Abidjan, em Janeiro de 1999. Demoine A. e Joyce Findlay foram o primeiro de vários casais missionários designados para ajudar os membros da Igreja tanto no Togo como no Benim e trabalham para a obtenção da legalização da Igreja nestes dois países.
Em Janeiro de 2001, Verne e Kathleen Davis tornam-se no primeiro casal missionário chamado para viver no Benim de forma permanente. Continuam a trabalhar para obter a legalização da Igreja no Benim e também apoiam os membros da Igreja Igreja na capital Cotonou.
O grupo The BYU Singers visita Benim em Maio de 2001 e ficam tão impressionados com os membros que doam gravatas e vestidos azuis para serem usados quando a Igreja obtivesse a legislação. Em Março de 2003, depois de anos de trabalho com os representantes do governo, a Igreja finalmente obtém o reconhecimento legal. Nesse domingo, as gravatas e vestidos azuis são envergados para celebrar. No mês seguinte, quatro jovens missionários, Reid Schellhous, Brandon J. Smith, Jean-Boscoh Kouassi e Ambroise Gbahouo, foram enviados para o Benim.
O Benim passa da Missão Costa do Marfim Abidjan para a Missão Gana Cape Coast, em Janeiro de 2005.